Odgojen je u seoskoj obitelji Rafaela Magallanesa i Clare Jara, koji su pretežno živjeli kao zemljoradnici, nadničari i težaci. Kao dječak i mladić za život je zarađivao čuvajući stoku. S 19 godina stupio je u sjemenište San José u Guadalajari. Za svećenika je zaređen u dobi od 30 godina u crkvi Santa Teresa u Guadalajari gdje je kasnije djelovao kao kapelan Škole za umjetnost i djela Duha Svetoga.

Kao župnik u svom rodnom gradu Totaticheu pomogao je u osnivanju škole, razvoju trgovine prerade drveta i planiranja hidroloških radova, uključujući izgradnju brane koja bi poboljšala kvalitetu života mjesnog stanovništva.

Za svog pastoralnog rada posebno se istaknuo u evangelizaciji autohtonih Huichol ljudi zbog kojih je kasnije i osnovao katoličku misiju u njihovu gradu Azqueltánu.

Kada je antikatolička vlada uredbama zatvorila sjemenište u Guadalajari 1914., otac Magallanes je otvorio sjemenište u svojoj župi. U srpnju sljedeće godine već je djelovalo sjemenište sa 17 mladića koje je priznao mjesni nadbiskup.

Za vrijeme svog svećeničkog djelovanja Magallanes je propovijedao protiv oružane pobune, ali je bio lažno optužen za njezino promicanje. Uhićen je 21. svibnja 1927., idući k lokalnoj farmi gdje je trebao slaviti sv. misu. Optužen je za poticanje pobune protiv antikatoličke vlade te je pogubljen. Kako piše na sveci.net, svojim krvnicima je darovao svoje vrijednosti, podijelio im oprost, a posljednje riječi su mu bile: „Umirem nevin i molim se Bogu da će moja krv poslužiti ujedinjenu sve meksičke braće“.

Svetim ga je 21. svibnja 2000. proglasio Sv. Ivan Pavao II. zajedno s još 24 mučenika meksičke revolucije.