Rođen je u Egiptu 287., od poganiskih roditelja, Silom unovačen u carsku vojsku u dobi od 20 godina, završio je u zatvoru u mjestu Tebe, zajedno s ostalim regrutima. Mogli bismo reći kako je nastavak ove priče odgovor na sljedeće pitanje: „kako obratiti nevjernika?“ A odgovor glasi: „Živimo primjerom ljubavi.“

Ogrnut tminom, jedne su im večeri neki kršćani donijeli nešto hrane. Taj postupak potpunih stranaca dirnuo je Pahomija pa ih je upitao tko ih je na to potaknuo. „Bog nebeski“ – glasio je njihov odgovor. Te je noći Pahomije molio kršćanskome Bogu neka ga oslobodi okova, obećavši kako će u zamjenu svoj život posvetiti služenju Njemu.

Nakon što je oslobođen, ispunio je taj zavjet pridruživši se jednoj kršćanskoj zajednici na jugu zemlje, u današnjemu mjestu Kasr-es Sayad, gdje je primio potrebnu pouku kako bi mogao biti kršten. Neko je vrijeme živio asketskim životom, posvećujući se služenju mjesnom stanovništvu, da bi se zatim, u trajanju od sedam godina, stavio pod vodstvo jednog starog monaha po imenu Palamon.

U toj tišini pustinje jednom prigodom začuo je tajanstveni glas koji ga je pozvao neka se trajno nastani na tome mjestu, na koje se uskoro početi dolaziti brojni učenici. Za monaha je napisao pravilo koje je postalo vrlo poznato. Njime je Pahomije – za razliku od svoga velikog prethodnika, Svetog Antuna opata, otvorio jedan novi put: od nasljedovanja Isusa u samoći pustinje, razgovarajući isključivo s Ocem Nebeskim te suočavajući se s napastima zloduha, bilo mu je draže nasljedovati Isusa, koji živi sa svojim učenicima i uči ih moliti.

Dokument na kojem je Pahomije utemeljio život zajednice zove se Sveto pismo, koje su monasi naučili napamet i tiho izgovarali obavljajući svoj posao: izravan doticaj s Bogom putem „sakramenta Riječi“.

Pahomije je preminuo 14. svibnja 346, ostavivši u baštini desetak samostana, među kojima i nekoliko ženskih. Mjesto njegova ukopa ostalo je, međutim, nepoznato jer je prije smrti svome najvjernijem učeniku povjerio neka ga pokopaju na tajnom mjestu, kako bi na taj način izbjegao čašćenje od strane svojih sljedbenika.

Ime Pahomije označava pripadnost jednoj etničkoj skupini područja Pahomije ili Mezopotamije.