Sveti Ivan je rođen u Pomuku, staro ime za današnji Nepomuk, u zapadnoj Češkoj, negdje između 1340. i 1350. Prve sigurne povijesne podatke o svecu imamo iz 1370., kad je kao praški klerik obavljao već službu javnog bilježnika,prenosi nedjelja.ba.
Za svećenika je zaređen oko 1380., a još iste godine imenovanjem čak iz Rima postavljen je za župnika Sv. Gala u Pragu. Istodobno je obavljao i službu tajnika i bilježnika nadbiskupa Ivana Jenštejna. Sve to govori da je bio izvanredna ličnost, kad je već kao mlad svećenik mogao obavljati tolike dužnosti.
Najvažnija i najodgovornija služba koju je obavljao bila je da je postao generalni vikar energičnoga i pobožnoga nadbiskupa Jenštejna. Bilo je to u rujnu 1389. kad se razmahala tragična borba između nadbiskupa i despotskog kralja Vjenceslava IV., koji je nasilno želio prisvojiti crkvena dobra i postati potpuni gospodar Crkve u Češkoj.
Kada je protiv kraljeve volje Ivan potvrdio izbor novog opata, razljućeni ga je kralj skupa s drugim svećenicima dao mučiti. Svi su oni bili podvrgnuti mučenju u kojem je sudjelovao sam kralj s bakljom u ruci. Ipak su pušteni na slobodu pošto su prije morali prisegnuti da će o svojoj torturi šutjeti. Iznimka je bila s Ivanom Nepomukom. On se kralju, možebitno zbog svoga velikog ugleda, činio najopasnijim. Zato ga je kralj u noći s glasovitog mosta Karla IV. dao baciti u Vltavu i tako je Ivan poginuo kao mučenik.
Tijelo mu je pronađeno te sahranjeno najprije u crkvi Sv. Križa uz rijeku, a kasnije preneseno u katedralu Sv. Vida u Pragu. Posjetitelji ove gotske katedrale u njezinoj desnoj lađi mogu još i danas vidjeti mučenikov grob na kojem piše: Iohannes de Pomuk.
Papa Benedikt XIII. proglasio je 19. ožujka 1729. u Lateranskoj bazilici Ivana Nepomuka svecem i to mučenikom ispovjedne tajne.
Smatra se zaštitnikom ispovjednika i dobroga glasa. Kao takav naročito se štovao u Družbi Isusovoj u XVIII. stoljeću, jer je bila mnogo klevetana. Ona je Sv. Ivana dugo vremena častila kao svoga drugotnoga zaštitnika.
